У каждой школы своя судьба, своя история. Наша Сентябрьская школа была построена в 1973 году, и она была одним из цехов ЛПДС «Южный Балык», а первые педагоги числились рабочими и лаборантами предприятия.
Школа была рассчитана на 40 ученических мест. В здании располагалось 4 классные комнаты и учительская, а спортзалом и актовым залом служил коридор.
Первым директором школы была Людмила Михайловна Бадалян, которая в настоящее время возглавляет Каркатеевскую школу. А первые учителя – Циброва (Уханёва) Алла Яковлевна и Андросова Анна Николаевна.
В 1981 году наша школа была зарегистрирована как начальная школа посёлка Сентябрьский Нефтеюганского района, и отсюда ведется отсчет времени рождения школы. Директором школы была назначена Касимова Валентина Матвеевна, ныне заслуженный ветеран нашей школы на заслуженном отдыхе.
В 1986 году школа стала восьмилетней, На смену одноэтажному зданию было построено 2-х этажное здание и директором школы на протяжении 11 лет, с 1986 года и по 1997 год, была Любченко Валентина Алексеевна.
С 1998 по 2008 год возглавлял педагогический коллектив школы майор запаса, Почетный работник общего образования Российской Федерации Кременчугский Валерий Геннадьевич.
Распоряжением главы Нефтеюганского района № 1292 от 27 июня 2000 года Сентябрьская школа реорганизована в Нефтеюганское районное муниципальное образовательное учреждение «Сентябрьская средняя общеобразовательная школа».
В 2001 году наши ребята получили в подарок от администрации Нефтеюганского района новое здание школы - красивое и светлое на 250 учащихся.
С 2008 года педагогический коллектив возглавила Сидорова Тамара Анатольевна.